Hệ thống núi Sierra de Chiribiquete có thể được chia thành 3 phần riêng biệt. Khu vực phía bắc là nơi cao nhất tại vườn quốc gia, với độ cao dao động từ 800 đến 1000 mét so với mực nước biển. Khu vực trung tâm có độ cao từ 300 đến 400 mét còn phía nam là khu vực không vượt quá 400 mét. Vườn quốc gia có hệ thống sông Japurá với các sông Yarí, Apaporis

Khí hậu tại đây là nhiệt đới ẩm, nhiệt độ trung bình là 24 °C.